13世紀初葉，大地就像陶輪一樣翻轉過來。那些來自蒙
古高原的高達剽悍的蒙古騎兵，跨著同樣高達剽悍的蒙古馬，手握著寒光閃閃的軍刀和例不虛發的勁弓，在他們那位傑出的成吉思汗的率領下，以令人不可思議的速度與力量，讓當時的已知世界都感到了毛骨悚然的極度恐懼。總之，13世紀的中國及亞洲，基本上是一個戰爭的世紀，太多的流血與殺戮，太多的征服與抵抗，都被那削鐵如泥的彎刀和踏破霜晨之月的馬蹄攪在了一起。
但西藏卻註定將在這個血雨腥風的年代裡，一舉從中原王朝的敵人的角色轉變為相逢一笑泯恩仇的兄弟：雪域高原，從此成為中國不可分割的版圖。這一切，得從薩迦派和成吉思汗說起。
先說薩迦派。薩迦派，是指藏傳佛教的一個分支，由日喀則西南仲曲河谷的一個叫貢卻傑波的新興封建農奴主創立的。此人自稱是吐蕃王朝貴族昆氏的後裔，並於 1073年在他的家鄉修建了一座寺廟，廣招僧徒，傳習佛法，由於這座寺廟周圍的土壤呈灰白色，人們便把這寺叫做薩迦寺——藏語裡，薩迦就是灰白土的意思。
從貢卻傑波開始，薩迦寺由他的家族世代相傳，傳到第四代，此人名叫薩班•公哥堅藏，正式他和成吉思汗建立起了有機的聯繫，而他的侄子則一舉成為元朝的第一任帝師，那就是大寶法王八思巴。
再說成吉思汗。1206年，鐵木真建立蒙古汗國，尊號成吉思汗。同一年，他兵臨西夏，到達青海柴達木地區，甘肅和青海一帶的藏族地區紛紛進入蒙古的版圖。成吉思汗派人寫信給薩迦派寺主薩班，表示他一向尊崇喇嘛教，願意皈依佛法，並希望該派到蒙古傳教。
當時，成吉思汗強大的軍事力量如日中天，幾乎是攻無不克，戰無不勝，他這封文質彬彬的來信，引起了西藏各種勢力的猜測和震動。他們明白，儘管這封信很客氣，但此前成吉思汗就派人到過西藏勸降，如果應對失策，必將給西藏地區帶來可怕的戰爭。
為此，西藏各派暫息了紛爭，決定派出兩名代表前往柴達木覲見成吉思汗。這兩位代表分別來自山南和拉薩，他們匆匆趕往柴達木，向成吉思汗這位一代天驕表達了 西藏各派願意臣服中央政府的意思，成吉思汗兵不血刃而一舉拿下西藏，當然很高興。這是西藏地方勢力和中央政權建立直屬關係的開端。
成吉思汗一生總是忙於征服那些遙遠的異國他鄉，儘管現在已稱臣歸順中央，但他並沒有進行真正有效的管理。時間一晃到了1229年，這時候的成吉思汗的兒子窩闊台在位，他將甘肅、青海和原來西夏王國的領土，作為封地劃給他的二兒子闊端。
1239年，闊端派大將多達納波率軍從武威進入西藏，這支部隊軍紀渙散，由於他們在藏族地區的濫殺和搶劫，引發了藏族人民強烈的反抗，在付出慘重的代價後，終於抵達了拉薩以北的熱振寺。
多達納波還算是個聰明人，他看出武力很難使藏族這個倔強的民族屈服，只有宗教的羈縻，才能事半功倍，為此，他寫信給闊端彙報說：現在的西藏地區，以噶當派 的寺院最多，達瓏噶舉派的法王最有德行，直貢噶舉派的京俄大師最有法力，而薩迦派的薩班大師學問最好，人脈最旺。信中，多達納波向闊端建議，請薩班到武威 和闊端假面，以便通過薩迦派從而進一步控制西藏。闊端同意了，他立即寫信給薩班，邀請他到武威會面。
但不知道為什麼，這封信發出之後的第七個年
頭，薩班才帶著他的侄子八思巴前往武威，不巧的。是，此時闊端已於前一年回蒙古出席推舉貴由為可汗的大會了。次年，闊端從蒙古回來，薩班已經再武威等了他一年了。闊端由於長途跋涉，加上在戰爭年代曾負過傷，當時正身患重病，他的醫生們對此束手無策，而薩班憑藉神奇的醫術，很快治好了闊端的病，這使得闊端對薩班既感 激又信任。兩人經過長時間的協商，議妥了西藏歸順蒙元的條件，並決定由薩班給西藏各地方勢力發出一封公開信，勸他們接受條件，歸順蒙古。
在這封公開信中，薩班以鐵的事實說明，歸順蒙古是大勢所趨，西藏各勢力必須審時度勢，任何首鼠兩端的僥倖都是徒勞無益的。薩班說，西藏業已成為蒙古的屬 地，闊端已委派薩迦派和其他官員對西藏進行有效管理。地方上的各種勢力，凡是願意歸順的，就要將各地官員姓名、部眾人數及貢物數量登記造冊，複製三份，一 份交闊端，一份交薩迦，一份自存。如果各地官員照此辦理，那就是表示他們是願意歸順蒙古的，否則，則視為蒙古的敵人，以後蒙古軍隊進入時，必然成為討伐的 對象。
1251年，薩班去世後，他的侄子八思巴成為薩迦派領袖。這一年，忽必烈正準備出征大理，出發之前，他約八思巴到六盤山見面。這次見面是重要而必需的：它 使忽必烈終於相信，西藏絕不會在他遠征大理時發生任何變數，而八思巴的學問和氣質，也給忽必烈留下了良好的印象。
1260年，忽必烈繼承帝位，他沒有忘記那位六盤山與他促膝而談的西藏高僧，立即依照當年西夏制度，封八思巴為國師，賜予玉印。1264年，忽必烈遷都大 都（今北京），在中央設立了掌管全國佛教事務和藏族地方行政事務的總制院——以後又改名宣政院，八思巴以國師的身份兼管總制院，成為西藏歷史上第一位出任 中央政府高級官員的藏族人。
忽必烈時代，蒙元的對外擴張基本上停止，三大金帳汗國疆域已定，忽必烈開始以管理者的視角對空前龐大的帝國進行有效的治理。他坐在北京城的大殿之上，睿智的目光遙遙地注視著數千公里外的西藏。
就在他繼承帝位的同時，他派遣達門為特使入藏，設立了27處驛站，這27處神經般分佈在雪域高原的驛站，將西藏與中原緊密地連結在了一起。從此，每當北京城有何新的政策，那些飛奔的驛馬一路鈴鐺搖動，一站接一站地講中央政府的旨意傳達到薩迦和整個西藏。
八思巴在蒙元中央政府服務了8年，1268年，這位遠行的遊子在濃烈的思鄉之情下重返西藏，忽必烈派出三位官員與他同行，對西藏的人口進行了調查，這也是中央政府在西藏地區的第一次人口調查。
在這次人口調查的基礎上，中央政府在薩迦設立本欽一名，由帝師提名，皇帝批准任命，負責西藏地區的管理。本欽以外，設置宣慰使、安撫使、招討使、萬戶和千 戶等各級官職，負責管理當地軍政事務。蒙元中央政府在西藏地區共設有13個萬戶，明令以薩迦為13個萬戶之首。
萬戶以下官職，一般都由當地頭人或是宗教領袖出任，後來演變成了土司。